明初，明朝政府在梵净山地区开采朱砂与金矿，派有官员督办。由于梵净山风光神奇，佛教于是兴盛起来，成为僧众向往的“梵天净土”，故正式得名“梵净山”，民间则称“大佛山”。明初在梵净山重修西岩寺外，还修建了天马寺等寺庙。明永乐十一年（1413年），思南土司、思州土司为争夺朱砂发生战争，明政府改土归流，在梵净山环山地区设立思南、铜仁、松桃、石阡四府。同年，贵州行省正式成立。

到两百年后的明万历年间，梵净山因有“古佛道场”而被称为“古迹名山”。贵州巡抚郭子章（今江西省人）撰《黔记》（1608年）载梵净山云：“贵州山以梵净山为第一，可比天台。”明末浙江诗人谢国梗抗清失败后，隐居梵净山，便自号“天台逸人”。 

梵净山敕赐碑

《敕赐碑》全称《敕赐梵净山重建金顶序碑》，为明朝万历帝赐封建立，位于梵净山老金顶下，碑高2.9米，碑心高1.85米，宽1.51米，碑额竖刻“敕赐”两个大字，左右饰以腾龙拱护纹，上罩彩云。碑文悉为楷书，计1349字，其中序文838字，附文516字。

护国寺

历代所修寺庙甚多，大小寺庙数百座，其中四大皇庵四十八脚庵最为著名，四大皇庵之一的护国寺占地就3000平方米，寺产遍及周围30多里。

释迦殿、弥勒殿在金顶上，始建于明朝，左为释迦殿，右为弥勒殿，中为金刀峡，天桥横跨峡上以沟通两殿。庙后各有一巨石，一名晒经台，一名说法台。

承恩寺

承恩寺建筑地处梵净山绝顶，下临1000多米的深谷，举目四眺，百里风云尽收眼底，甚为壮观。承恩寺（俗名上茶殿），在金顶左侧，正殿三间，门额阴镌“敕赐承恩寺”5字，两侧配殿8间，仅存部分残墙，全部建筑面积占地1250平方米。镇国寺（俗名下茶殿）在承恩寺下方，始建于明代，20世纪50年代倾塌。金顶古庙较多，遗址尚有回香坪、老金顶、圆通殿等多处。 

佛光幻影

每逢雨后初晴的上午9时前或下午4时后，在与太阳相对的云雾中出现五彩光环，中嵌人影，人动影动。在火光照耀的夜晚，浓雾中还会出现比人高大数十倍的投影，即幻影。

弥勒菩萨

弥勒坐像：明清以来，弥勒与梵净山的传说在该地民间广为流传，古人在新金顶巅峰之上建释迦、弥勒两殿，作为梵净山佛教的最高象征。 明代《敕赐碑》中，对弥勒与梵净山作专门记载，并称梵净山是“无边法界，极乐天宫”  。梵净山弥勒道场有神奇的自然景观相印证。在新、老金顶附近，常常可以看见奇妙的“佛光”和“幻影”，古人认为“佛光”和“幻影”就是“弥勒显像”。从西路朝山古道的“拜佛台”远看，梵净山就呈现出三座弥勒像并列的景象：老金顶是弥勒坐像，新金顶是金猴朝拜弥勒像，三大主峰相连则是长达万米的弥勒卧像。